Potrebbe sorprendere ma sono proprio i funghi ectomicorrizici a sferrare il maggior attacco alla tartuficoltura. Infatti, nella spinta alla sopravvivenza, questi funghi tentano di sostituire i miceli dei tartufi per prenderne il posto nel rapporto micorrizico con la pianta. Per l'interno arco vitale della pianta tartufaia questa competizione è viva e attiva. Quando uno dei milioni di apici radicali si accresce, sono centinaia le spore e i miceli che tentano di raggiungerlo per formare la simbiosi micorriza. Ovviamente, i favoriti in questa competizione sono i miceli che già micorrizano le zone vicine a quella che si sta accrescendo. Altre specie si possono inserirsi favoriti da particolari cambiamenti ambientali. Quella dei tartufi è una micorriza non particolarmente aggressiva, tanto che diversi esperti la definiscono soccombente. Di certo questo atteggiamento viene mitigato dalla moderna tartuficoltura tramite sterilizzazioni e inoculazioni massicce e mirate, che tendono a rendere esclusiva la micorrizazione con il tartufo.
In terreni aridi e calcarei la vegetazione di una tartufaia si comporta come pionieristica e se le condizioni climatiche e ambientali sono ottimali, sarà sempre la micorriza del tartufo a prendere il sopravvento sulle altre. Sempre che le date condizioni non cambino, portando a situazioni variabili. Le lavorazioni colturali servono tanto a mantenere queste condizioni, quando ad evitare che la tartufaia evolva verso la formazione vegetale tipica dell'area in cui si trova. Se la vegetazione fosse libera di svilupparsi a proprio piacimento e senza controllo umano, si potrebbe arrivare ad un eccessivo infoltimento, con conseguente eccessivo ombreggiamento del suolo e formazione di una lettiera. A questo punto, le condizioni chimiche del terreno cambierebbero fino a portare altri funghi micorrizici a prendere il posto del tartufo. Senza un intervento colturale, più è vasta la zona della tartufaia più è veloce questo cambiamento ambientale, che porta il terreno ad essere sfavorevole alla micorriza del tartufo.
La presenza di micorrize estranee è facilmente individuabile, in genere prima nelle fasce esterne della tartufaia, con la comparsa di corpi fruttiferi diversi dai tartufi. Questi carpofori possono presentarsi in superficie, con la forma di funghi a cappello e gambo, oppure nel sottosuolo, ed essere sferoidali come i tartufi. Purtroppo, tra le micorrize più pericolose e in competizione con il tartufo troviamo la micorriza prodotta dal Coenococcum geophilium, rilevabile solo da esperti specializzati e altrimenti quasi impossibile da individuare.
